USB flash drive memiliki banyak kelebihan dibandingkan alat penyimpanan data lainnya, khususnya disket atau cakram padat. Alat ini lebih cepat, kecil, dengan kapasitas lebih besar, serta lebih dapat diandalkan (karena tidak memiliki bagian yang bergerak) daripada disket.
Sistem operasi Microsoft Windows mengimplementasikan USB flash drive sebagai USB Mass Storage Device, dan menggunakan device driver usbstor.sys. Karena memang Windows memiliki fitur auto-mounting, dan USB flash drive merupakan sebuah perangkat plug and play, Windows akan mencoba menjalankannya sebisa mungkin sesaat perangkat tersebut dicolokkan ke dalam soket USB. Windows XP dan yang sesudahnya bahkan memiliki fitur Autoplay, yang mengizinkan flash drive tersebut diakses secara keseluruhan untuk menentukan apa isi dari USB flash drive tersebut.
Akhir-akhir ini, banyak virus komputer lokal seperti halnya Brontok/RontokBro, PendekarBlank, dan virus lokal lainnya menggunakan USB flash drive sebagai media transmisi virus dari satu inang ke inang lainnya, menggantikan disket. Virus-virus yang sebagian besar berjalan di atas Windows tersebut akan semakin cepat beredar ketika memang Windows mengakses drive teserbut menggunakan fitur autoplay yang dimiliki oleh Windows. Karenanya, ada baiknya untuk menonaktifkan fitur autoplay, meski hal ini kurang begitu membantu mencegah penyebaran virus.
